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坊農秀雅
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Dr. Bonoの生命科学データ解析 単行本 – 2017/9/29

坊農秀雅 (著)
4.1 5つ星のうち4.1 18個の評価
すべての形式と版を表示

この商品には新版があります:

Dr.Bonoの生命科学データ解析 第2版
Dr.Bonoの生命科学データ解析 第2版
￥3,300
(11)
残り8点（入荷予定あり）
「バイオインフォマティクスを教えてください」。本書の著者,坊農秀雅氏は研究のかたわら,10数年にわたって多くの人たちのこのような依頼に応えてきた。氏を「師匠」と慕うバイオインフォマティクスの専門家も数多い。そして氏は、専門家にはもちろんのこと,生命科学に関するさまざまな分野の初心者に対しても,データ解析に関する講習会を開き,今も教え続けている。

その坊農氏が,もてる知識と経験を注ぎ込で,教科書のかたちにまとめたのが本書である。次世代シークエンサー(NGS)から膨大なデータが次々と生み出されている現代。今,生命科学者に求められるデータ解析の基本を体系的に解説した貴重な一冊だ。多くの生命科学者が日常的に必要としている配列データ解析を中心に,データの再利用やデータベースの活用に対する考え方も含めて,解説されている。基本的な技術が,どう最新のデータ解析に結びついているかがわかるよう,応用実例の紹介も豊富。

初めて学ぶ初心者にはもちろんのこと,すでにデータ解析にたずさわっている人も,頭の中が整理でき,応用力も身について,きっと役に立つことだろう。

━━ データ解析は,かつてのバイオインフォマティクス研究者だけのものではなくなった。今は生命科学者自身がデータ解析する時代,誰もがバイオインフォマティシャンの時代であり,本書はそのような本となるよう企画した ━━(本書序文より)。

━━ この本には「どのように」だけでなく,「なぜ」そうするかが説明されている。初学者必携です ━━(理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット ユニットリーダー 二階堂愛氏)

━━ 一気に最後まで読ませていただきました。最新情報をガンガン入れ込んできてくださったおかげで,私にとっても世間の流れを知るうえで非常に役立ちました━━(東京大学農学生命科学研究科 K氏)

<著者紹介>
坊農秀雅:
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任准教授
京都大学 博士(理学)

<構成>
第1章 生命科学データ解析の歴史:
生命科学技術の発展とそれに伴うデータの生産,そしてそれらの解析手法開発の歴史。

第2章 生命科学分野の公共データベース
利用可能なデータベースがインターネット上にあふれるなかで,実際にどういうものがよく使われているかを紹介。

第3章 データの形式とその取り扱い方
データを扱う基本技術とその形式,特に,UNIXコマンドラインの使い方の入門的解説。

第4章 基本データ解析
配列データ解析としては,生命科学分野に特有なアラインメントを中心に記述。数値データ解析としては,階層クラスタリングと主成分分析を特に記述。

第5章 実用データ解析
本書でここまでに紹介してきた知識やツール、技術を使った実用データ解析の紹介。個別のデータ解析手法は日々更新されているが,生命科学の諸問題に立ち向かう基本的な考え方は変わらない。そのデータ解析戦略を示した。
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  1. 本の長さ
    208ページ
  2. 言語
    日本語
  3. 出版社
    メディカルサイエンスインターナショナル
  4. 発売日
    2017/9/29
  5. ISBN-10
    4895929019
  6. ISBN-13
    978-4895929011
  7. すべての詳細を表示
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商品の説明

出版社からのコメント

データ解析でもう迷わない!
次世代シークエンサー時代にかかせない基礎知識

バイオインフォマティクスの第一人者、坊農秀雅氏の書き下ろし。現代のバイオ系研究者のために、通読しやすいボリュームの中に実践で役に立つバイオインフォマティクスの基礎知識をまとめた教科書。生命科学分野で、次世代シークエンサー(NGS)やゲノムの解析などに携わるときの基本が整理できる。これから解析を学ぼうという人はもちろん、すでに解析を行っている人にも最適な書。

登録情報

  • 出版社 ‏ : ‎ メディカルサイエンスインターナショナル (2017/9/29)
  • 発売日 ‏ : ‎ 2017/9/29
  • 言語 ‏ : ‎ 日本語
  • 単行本 ‏ : ‎ 208ページ
  • ISBN-10 ‏ : ‎ 4895929019
  • ISBN-13 ‏ : ‎ 978-4895929011
  • カスタマーレビュー:
    4.1 5つ星のうち4.1 18個の評価

著者について

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坊農秀雅

坊農秀雅

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2000年京都大学大学院理学研究科生物科学専攻博士後期課程単位取得退学。

理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター 基礎科学特別研究員、埼玉医科大学ゲノム医学研究センター准教授を経て、2007年より大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任准教授。2020年より広島大学大学院 統合生命科学研究科 特任教授、2023年より同 教授。京都大学博士(理学)。

2002年日本語による初のバイオインフォマティクス書籍「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」を上梓、同年に米国の本格的なバイオインフォマティクス 教科書「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ」を翻訳・監訳した。

2015年には初の次世代シークエンサーからの配列データ解析プロトコール本として「次世代シークエンサーDRY解析教本」（学研秀潤社）を監修ならびに分担執筆したほか（2019年に第2版を出版）、

2017年には「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(MEDSi)と題した2010年台版のバイオインフォマティクス教科書（Bono本）を著した（2021年に第2版を出版）。

また、2018年には最新の生命科学教科書「ゲノム4」(MEDSi)の翻訳分担に参加したほか、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選」(MEDSi)を監修と分担執筆、2019年にBono本の実践書となる「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」(MEDSi)を上梓した（2023年に第2版を出版）。

さらに、システムエンジニア向けの生命科学データ解析への入門書として「生命科学データ解析を支える情報技術」（技術評論社）を2019年に編集＆分担執筆している。

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上位レビュー、対象国： 日本

うめぼしちゃん
5つ星のうち5.0 安価で購入できラッキー
2021年9月9日に日本でレビュー済み
Amazonで購入
大学院で研究を終えてから、検索して購入しました。遺伝子解析をSanger は自分でやりアナログ解析しましたが、NGSは外注で人任せだったので、今更ですが勉強になります。学生時代に読めば尚更良かったかもしれません。いつになっても新しい事を知るのはワクワクします。
役に立った
 レポート
Amazon Customer
5つ星のうち5.0 「科学者」が門戸を広げようとしていて，わくわくする
2018年1月27日に日本でレビュー済み
Amazonで購入
評者は情報系界隈に生息する研究者ですが，バイオとは別の領域です。

良い本だと思います。例えば評者であっても，あ，この手引きをもってやったら，オレでも多少は解析できるんじゃないかな？なんて魅力があります。これならやれるかも？的な。CUIなんて怖くないよ，という応援が溢れています。この分野を専攻する学生さんたちにとっては，わたしよりもずっとずっと，この本を使いこなせるでしょう。

本書で参照されている資源はほぼオープンになっているもののみです。更に，あなたの知見を広く公開することで，更にハッピーな未来が来るかもしれないよというささやきまで，本書には含まれています（著者が統合TVやDBCLS等を「実践」してきたからこその説得力があります）。

グッときたのは著者紹介に書かれた彼の経歴。第一線のデータの分析者として戦い続けつつ，しかも後進のためを考えている。（あまりよくない）人文系系研究者には，自分の持つデータや資料を自分たちだけで囲い込むことで，自らの優位性を保とうとする人たちおられると聞いています。しかしDr.Bonoはその態度からは正反対のところにいます。自らが身を削って得た知見を惜しみなく紹介しているのです。このオープンネスな執筆姿勢には正直，あぜーん。ラボ内だけで通用する「秘技」をぶっ飛ばせ，みたいな目的すらあるんじゃないかな？などと裏読みしながら読んでいましたが，これは考えすぎかな…。

ともあれ欄外にある専門用語の「なんて読んだらいいの」欄のこの配慮の細やかさたるや。別領域の専門用語や略語の正式な読み方って，色々と苦労するんですよね。例えば，GGRNAの読みはググルナだそうです。ジージーRNAじゃねーのか！なんて，ちょっと吹き出しちゃったり。

これは教科書です。本書の領域の研究を志す学生さんたちには，素晴らしい手引きになるでしょう。そして別領域の評者からすると「対話のフック」があちこちに散らばっています。著者の奮闘に，頭が下がります。
16人のお客様がこれが役に立ったと考えています
役に立った
 レポート
沿岸警備隊
5つ星のうち5.0 必読の教科書！
2018年2月18日に日本でレビュー済み
Amazonで購入
初めに一読してよい本と分かりました。幅広い内容ですが、読んでみて、これまで基本的なことが出来ていなかったことを思い知らされました。その後、「あそこはどうだったけ」という感じで繰り返して読見直すと味が深く出てくる良書です。GEOやKEGGなど読み方まで親切に書いてありますし、様々なWeb toolも紹介されています。また、データベースの歴史や未来予測が書かれている点も役に立ちます。この分野の仕事をする場合の常識を学ぶために必須のテキストブックの一つと思いました。
7人のお客様がこれが役に立ったと考えています
役に立った
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indigo
5つ星のうち5.0 バイオインフォマティクス初学者にとってまず読むべき教科書
2017年9月30日に日本でレビュー済み
私のような初学者（ウェットの実験はするけれど、ドライの解析はまだまだこれから）は、バイオインフォマティクスの重要性は重々承知しているものの、「まず何から勉強していいか」もそうだが、「何がわからないかがそもそもわからない」という問題に直面することがある。ググってもググっても基礎知識が足りなすぎるゆえ、なかなか理解が進まないのである。

本書は、統合TV(http://togotv.dbcls.jp/)の生みの親のお一人でもある、ライフサイエンス統合データベースセンターの坊農秀雅さんが書かれたバイオインフォマティクス初学者にとってまず読むべき教科書であり、今までなかった基礎知識を体系的に学べる本である。

第1章のデータ解析の歴史は、読み物としても面白く、いかにこの分野が急速に発展してきたかを感じることができる。

第2章の公共データベースについては、まずは初学者が知るべきデータベースが画面紹介付きで説明があり、これが知りたいという時の参考書としての利用もできる。

第3章では、データ解析で用いられているデータ形式やファイル形式について、最低限知っておくべき内容について説明がある。コマンドについてはやはり使ってなんぼのところがあるので、この章を勉強した後、実際に手を動かしてみるのがいいであろう。

第4章では、配列のアラインメントなどの配列解析や、数値解析について学ぶことができる。とりあえずBLASTに配列を投げて、出てきたデータを眺めているだけのような私でも、実際にどういうことが行われているのかその一端を知ることができた。

第5章では、特にここ数年で急速に発展普及した次世代シーケンスデータの解析について、マイクロアレイ解析との対比も含めて知ることができる。この章で次世代シーケンスで何がわかるのかを学習し、実際に自分で解析する際には「DRY解析教本(https://www.amazon.co.jp/次世代シークエンサーDRY解析教本-細胞工学別冊-清水厚志/dp/4780909201/)」を参考にするのがいいと思われる。（欄外の＊欄に、DRY解析教本のどこを参照すればいいかの記述あり）

また、本書の欄外には「？何て呼んだらいいの」欄（例えば、BLAST ブラストと呼ぶ）や「？それって何だっけ」欄（例えば、アノテーション 注釈情報のことである）や「Dr.Bonoから」欄（例えば、横断検索は便利なのだ！）があり、まさに坊農さんの講義を受けているかのごとく読み進めることができる。

さらにtwitter上では、本書に記述があるように、#drbonobonというハッシュタグができているので、これをつけてつぶやくことで情報交換もできる。

この教科書で勉強すれば、自分のやりたい解析がどうすればできるようになるのかがわかるようになる。まさしく「バイオインフォマティクス初学者にとってまず読むべき教科書」であるといえよう。
34人のお客様がこれが役に立ったと考えています
役に立った
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美鹿菜園
5つ星のうち5.0 見ながらパソコン操作したいので電子版をお願いしたい．
2019年10月24日に日本でレビュー済み
本の中身はBONOさんの親切兄さんぶりが発揮されていてとても良いです．略号の読み方って分からないですから．科学系の書籍は電子版が向いていると思います．電子版が少なく，あってもせいぜいレプリカ版しかない．グリグリと電子版のメリット活かせる書籍作りをしていただきたい．値段も1500円ならもっと購買層も広がると思う．買って読んでも移動の時に荷物になるので困ります．自炊している暇もないし．とにかく使い勝手が悪いです．
1人のお客様がこれが役に立ったと考えています
役に立った
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