出版社内容情報
《内容》 欧米で発売されるやいなやベストセラーとなった「A Biologist’s Guide to Analysis of DNA Microarray Data」を早くも翻訳！ ゲノム研究を加速するマイクロアレイにおいて最も重要な，データ解析に必要な知識と手法をコンパクトに解説した，初のマニュアル！ マイクロアレイを使っている方はもちろん，これから始めようと思っている初心者も必読！
《目次》
1章 解析をはじめる前に
１．ハイブリダイゼーション
２．Affymetrix社のGeneChip技術
３．スポット型アレイ
４．Serial Analysis of Gene Expression（SAGE）法
５．用例：Affymetrix型チップとスポット型アレイの比較
2章 データ解析のあらまし
3章 データ解析の基本
１．遺伝子発現レベルの数値化
２．スケール化
３．はずれ値の検出
４．倍率変化
５．有意性
4章 次元を減らして視覚化する
１．主成分分析（PCA）
２．用例1：小さなデータ行列に関するPCA
３．用例2：実在のデータについてのPCA
5章 クラスター解析
１．階層型クラスター化法
２．K-meansクラスター化法
３．自己組織化マップ（SOM）
４．距離係数
５．標準化
６．クラスターの視覚化
6章 クラスター解析の先にあるもの
１．遺伝子機能予測
２．プロモーター領域における調節要素の探索
３．データの統合
7章 調節ネットワークのリバースエンジニアリング
1．時系列でのアプローチ
2．定常状態でのアプローチ
3．ネットワークモデルの限界
4．用例1：定常状態モデル
5．用例2：実際のデータに基づく定常状態モデルその１
6．用例3：実際のデータに基づく定常状態モデルその２
7．用例4：線形時系列モデル
8章 分類器として使うには
1．分類法の概要
2．用例1：癌のサブタイプを分類するその１
3．用例2：癌のサブタイプを分類するその２
9章 アレイにスポットする遺伝子を選択する
1．遺伝子探索
2．遺伝子内での領域の選択
3．PCRプライマーの選択
4．ユニークなオリゴマープローブの選択
5．実験デザイン
10章 発現解析の限界
11章 遺伝子型解析チップ
1．用例：GeneChip予測に対するニューラルネットワーク
12章 ソフトウェアの問題とデータフォーマット
1．標準化の試み
2．標準ファイル形式
3．クラスター化ソフトウェア
4．統計解析用ソフトウェア
13章 市販の解析ソフトウェア
内容説明
本書ではＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＧｅｎｅＣｈｉｐとスポット型のいずれのアレイ実験でも生じるデータの解釈・解析に必要な概念と手法が紹介されている。また、そのデータ処理については、これまでの書物ではあまり取りあげられていなかった非商用ソフトウエアを用いた方法にも言及している。
目次
解析をはじめる前に
データ解析のあらまし
データ解析の基本
次元を減らして視覚化する
クラスター解析
クラスター解析の先にあるもの
調節ネットワークのリバースエンジニアリング
分類器として使うには
アレイにスポットする遺伝子を選択する
発現解析の限界
遺伝子型解析チップ
ソフトウェアの問題とデータフォーマット
市販の解析ソフトウェア
著者等紹介
塩島聡［シオジマサトシ］
１９７１年横浜市に生まれる。１９９７年三重大学医学部卒業。藤沢市民病院にて臨床研修。現在、国立成育医療センター研究所・薬剤治療研究部で、疾患モデル動物を中心としたＤＮＡマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析の研究にいそしんでいる
松本治［マツモトオサム］
１９６０年大阪に生まれる。１９８９年京都大学大学院薬学研究科博士課程修了。蛋白工学研究所博士客員研究員、東京工業大学生命理工学部助手を経て、現在、京都大学大学院薬学研究科・ゲノム創薬科学分野助教授。専攻はゲノム創薬。薬学博士
辻本豪三［ツジモトゴウゾウ］
１９７８年北海道大学医学部卒業。臨床研修を経て、米国スタンフォード大学、米国ＮＣＩ留学。現在、国立成育医療センター研究所・薬剤治療研究部部長、京都大学大学院薬学研究科・ゲノム創薬科学分野教授を併任。現在、ゲノム機能科学、バイオインフォマティクスを活用したゲノム創薬科学の普及を志向している
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